Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt

Sieć kompetencji Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt

Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt

OGÓLNA TEMATYKA DZIAŁALNOŚCI NAUKOWO-BADAWCZEJ:

Główne obszary badawcze Katedry Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt to cytogenetyka, diagnostyka genetyczna, genetyka molekularna, genetyka populacji, genetyka cech ilościowych, rozród zwierząt i biotechniki rozrodu. W Katedrze funkcjonuje także Laboratorium Badań Markerów Genetycznych u Koni wyspecjalizowane w badaniach kontroli pochodzenia i identyfikacji koni (https://labkonie.up.poznan.pl/).

Podłoże cytogenetyczne i molekularne chorób i wad rozwojowych zwierząt
Genomika i epigenomika otłuszczenia/otyłości, nowotworów
Podłoże genetyczne zmienności cech składu mleka klaczy
Czynniki genetyczne i epigenetyczne warunkujące zmienność umaszczeń koni
Modyfikacje genetyczne z wykorzystaniem techniki CRISPR/Cas9
Analiza ekspresji genów - RT-qPCR, RNA-seq
Analiza poziomu metylacji DNA (pyrosekwencjonowanie)
Globalna analiza transkryptomiczna - RNA-seq oraz scRNA-seq (na poziomie pojedynczych komórek)
Bioinformatyczna analiza sekwencji DNA na podstawie sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
Badania nutrigenomiczne
Architektura jądra interfazowego
Doskonalenie genetyczne z wykorzystaniem narzędzi informatycznych
Ocena wartości hodowlanej i optymalizacja programów hodowlanych
Selekcja genomowaInbred oraz strategie doboru zwierząt do kojarzeń
Program ochrony zasobów genetycznych
Monitorowanie różnorodności genetycznej w rasach koni objętych programami hodowli zachowawczej
Analiza wpływu hodowli i genotypów zwierząt gospodarskich na procesy związane z ociepleniem klimatu
Wspomagany rozród zwierząt (zapłodnienie pozaustrojowe - IVF, embryo transfer - ET)
Analiza potencjału rozwojowego oocytów bydła, świni, kota domowego
Analiza jakości plemników zwierząt gospodarskich i laboratoryjnych (CASA)
Morfokinetyczna analiza rozwoju przedimplantacyjnych zarodków ssaków z użyciem systemów time-laps (Primo Vision)
Molekularne mechanizmy rozwoju zarodków ssaków (transkryptomika)
Analiza środowiska wzrostu i rozwoju gamet i zarodków w ocenie jakości (metabolomika)
Techniki witryfikacji gamet zwierząt gospodarskich i laboratoryjnych

KONTAKT DO KATEDRY:

Imię i nazwisko osoby odpowiedzialnej za współpracę:

Dr hab. Piotr Pawlak

E-mail: Piotr.pawlak@up.poznan.pl

Telefon: 61-848-71-48

Adres: ul. Wołyńska 33, 60-637 Poznań

www: https://genetyka.up.poznan.pl/

PROJEKTY REALIZOWANE W CIĄGU OSTATNICH 5 LAT:

LP	TEMAT	ŹRÓDŁO FINANSOWANIA	KIEROWNIK PROJEKTU	E-MAIL DO KIEROWNIKA	OKRES REALIZACJI
1	Poszukiwanie podłoża molekularnego różnych form depigmentacji okrywy włosowej koni wybranych ras hodowlanych w Polsce	NCN Preludium	Mgr Weronika Skrzetuska	weronika.mantaj@up.poznan.pl	5.01.2022-4.01.2025
2	Wpływ suplementacji kwasami z rodziny n-3 na metabolizm lipidów w blastocystach bydła pozyskanych in vivo i in vitro	NCN Opus	Prof. dr hab. Dorota Cieślak	dorota.cieslak@up.poznan.pl	27.12.2021-26.12.2025
3	Wykorzystanie analizy transkryptomicznej do identyfikacji genów związanych z występowaniem przepuklin pępkowych świń	NCN OPUS	Prof. UPP dr hab. Joanna Nowacka – Woszuk	joanna.nowacka-woszuk@up.poznan.pl	24.02.2020 – 23.02.2023
4	Dodatek pieprzycy peruwiańskiej (Lepidium meyenii) w żywieniu świń i jej wpływ na gospodarkę lipidową – badanie nutrigenomiczne	NCN Preludium BIS	Prof. UPP dr hab. Joanna Nowacka – Woszuk	joanna.nowacka-woszuk@up.poznan.pl	01.10.2021 – 30.09.2025
5	Zastosowanie technologii CRISPR-Cas9 do wyjaśnienia czy zmiany architektury jądra interfazowego w trakcie adipogenezy są przyczyną czy skutkiem aktywności transkrypcyjnej genów	NCN Opus	Prof. dr hab. Izabela Szczerbal	izabela.szczerbal@up.poznan.pl	31.01.2019-30.01.2024
6	Identyfikacja markerów genetycznych i epigenetycznych związanych z wnętrostwem psów	NCN Opus	Prof. dr hab. Marek Świtoński	marek.switonski@up.poznan.pl	24.01.2019-23.01.2023
7	Metabolizm kwasów tłuszczowych i glukozy podczas dojrzewania in vitro oocytów bydła i jego wpływ na jakość oocytów oraz zarodków pochodzących z zapłodnienia in vitro	NCN Opus	Prof. UPP Ewelina Warzych-Plejer	ewelina.warzych@up.poznan.pl	24.07.2018-23.07.2022
8	Parametryczna klasyfikacja jakościowa oocytów oraz zarodków zwierząt z wykorzystaniem techniki lab-on-a-chip oraz metod detekcji spektro- i fluorymetrycznych	NCN Fuga	Dr Patrycja Śniadek		1.10.2013-6.08.2019
9	Identyfikacja genetycznych mechanizmów kontrolujących zmienność fenotypową wielkości miotu świń	NCN Sonata	Dr Ewa Sell-Kubiak	ewa.sell-kubiak@up.poznan.pl	10.08.2017-9.08.2022
10	Udział kwasu arachidonowego w kształtowaniu jakości oocytów świni domowej	NCN Preludium	Mgr Natalia Małyszka-Łukomska	malyszka@up.poznan.pl	28.07.2017-27.07.2022
11	Identyfikacja markerów otyłości psów przy pomocy sekwencjonowania całogenomowego	NCN Opus	Prof. dr hab. Maciej Szydłowski	maciej.szydlowski@up.poznan.pl	4.08.2017-3.08.2022
12	Kompleksowa charakterystyka regionów kandydujących w genomie psa dla monogenowych zaburzeń rozwoju płci, oparta o sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) i cyfrowy emulsyjny PCR (ddPCR)	NCN Opus	Prof. dr hab. Marek Świtoński	marek.switonski@up.poznan.pl	18.07.2017-17.07.2021
13	Identyfikacja molekularnych zjawisk przyczynowych związanych z wczesnym rozwojem raka jelita grubego u genetycznie zmodyfikowanych świń w locus APC	NCN Sonata	Dr hab. Monika Dragan	monika.dragan@up.poznan.pl	8.02.2017-7.02.2023
14	Poszukiwanie polimorfizmów w częściach strukturalnych genów LGB1, LGB2, LALBA konia domowego i ich związek z poziomem ekspresji genów	NCN Preludium	Dr Łukasz Wodas		3.02.2017-2.05.2020
15	Kompleksowe podejście do optymalizacji wydajności wykorzystania paszy i ograniczenia negatywnego wpływu na środowisko chowu zwierząt monogastrycznych	ECO-FCE	Prof. dr hab. Tomasz Szwaczkowski	tomasz.szwaczkowski@up.poznan.pl	1.02.2013-31.01.2017
16	Transkryptom oocytów i blastomerów przedimplantacyjnych zarodków świni w kontekście procesu starzenia	NCN Sonata	Dr hab. Piotr Pawlak	piotr.pawlak@up.poznan.pl	18.02.2015-17.02. 2018
17	Zintegrowana analiza genomiczno-epigenomiczna świni domowej jako modelu dla dziedzicznych nowotworów jelita grubego człowieka	NCN Harmonia	Prof. dr hab. Marek Świtoński	marek.switonski@up.poznan.pl	06.06.2014-05.09.2017
18	Genetyczne i środowiskowe uwarunkowania zmienności emisji metanu uwalnianego przez krowy mleczne	NCN Opus	Prof. dr hab. Tomasz Strabel	tomasz.strabel@up.poznan.pl	24.02.2014-23.02.2017
19	Poszukiwanie markerów genetycznych i epigenetycznych zwiazanych z predyspozycją psów do rozwoju otyłości	NCN Opus	Prof. dr hab. Marek Świtoński	marek.switonski@up.poznan.pl	11.03.2014-10.03.2017
20	Wpływ diety ciężarnych samic szczura na dziedziczenie wzorów metylacji DNA potomstwa	NCN Sonata	Prof. UPP dr hab. Joanna Nowacka – Woszuk	joanna.nowacka-woszuk@up.poznan.pl	14.03.2014-13.03.2018
21	Epigenetyczne mechanizmy kontroli ekspresji genów zaangażowanych w odkładanie tkanki tłuszczowej świni domowej	NCN Sonata Bis	Prof. dr hab. Izabela Szczerbal	izabela.szczerbal@up.poznan.pl	08.07.2013-07.12.2019
22	Wpływ inhibitorów ścieżek różnicowania komórkowego na rozwój i jakość blastocyst bydła in vitro	NCN Opus	Prof. dr hab. Dorota Cieślak	dorota.cieslak@up.poznan.pl	25.03.2013-24.03.2017
23	Poszukiwanie genetycznego podłoża zmienności cech o złożonym uwarunkowaniu u koni z wykorzystaniem nowoczesnych metod genomiki strukturalnej i funkcjonalnej. Charakterystyka genomiczna składu mleka klaczy należących do wybranych ras koni	NCN Sonata	Dr hab. Jakub Cieślak	jakub.cieslak@up.poznan.pl	16.08.2012-15.08.2017
24	Poszukiwanie mutacji warunkującej rozjaśnienie bułane umaszczenia konia domowego	MNiSW Iuventus	Dr hab. Jakub Cieślak	jakub.cieslak@up.poznan.pl	23.02.2015-22.02.2017

ZLECONE BADANIA (badania naukowe i prace rozwojowe, opinie, analizy, ekspertyzy):

Badania cytogenetyczne zwierząt w kierunku wykrywania chorób i wad rozwojowych
Diagnostyka molekularna chorób zwierząt
Kontrola pochodzenia i identyfikacja koni na podstawie markerów DNA
Diagnostyka molekularna mutacji kształtujących umaszczenia koni
Grupy krwi koni oraz poziom przeciwciał w surowicy (konflikt serologiczny)
Kontrola pochodzenia psów
Analiza funkcjonalna nasienia rozpłodników diagnozowanych w kierunku płodności (morfokinetyka plemników psa domowego oraz bydła; system CASA – Computer assisted sperm assay)

APARATURA NAUKOWO-BADAWCZA:

Sekwenatory kapilarne– 3130 Genetic Analyzer, 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems)
Sekwenator następnej generacji – MiSeq (Illumina)
Pirosekwenator PyroMark Q48 Autoprep (Qiagen)
Aparat do cyfrowego emulsyjnego PCR (ddPCR) (BioRad)
Termocyclery gradientowe (Biometra, BioRad, Applied Biosystems)
PCR w czasie rzeczywistym (Real-time PCR) - Light Cycler 480 (Roche), Light Cycler 480 (Roche), Light Cycler 2.0 (Roche)
Fluorymetr Qubit 2.0 (Invitrogen)
Urządzenie do fragmentacji DNA – Bioruptor Plus (Diagenode)
Aparat do mikroprzepływowej elektroforezy kwasów nukleinowych i białek –
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Aparaty do elektroforezy (BioRad)
Aparat do wizualizacji żeli elektroforetycznych i membran hybrydyzacyjnych –
ChemiDoc MP Imaging System (BioRad)
Urządzenia do Western Blot – iBlot, BenchPro 4100 Card Processing Station (Invitrogen)
Zamrażarki niskotemperaturowe (Eppendorf, New Brunswick Scientific)
Wirówki laboratoryjne z chłodzeniem (Sigma, Eppendorf)
Spektrofotometr UV-VIS – Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific)
Inkubatory CO2 (Eppendorf, Thermo Fisher Scientific)
Inkubator CO2 i O2 (Eppendorf)
Szafy laminarne (Thermo Fisher Scientific)
Mikroskopy optyczne (Zeiss, Nikon)
Mikroskopy stereoskopowe (Olympus, Nikon, Zeiss)
Mikroskopy fluorescencyjne (Nikon, Zeiss)
Mikroskop konfokalny LSM 880 AiryScan (Zeiss)
Mikromanipulator Eppendorf z mikroskopem odwróconym Leica AM6000
System do obrazowania rozwoju przedimplantacyjnego zarodka w czasie rzeczywistym – Primo Vision EVO+ (Vitrolife)
Wirówka cytologiczna Cytospin 4 (Thermo Fisher Scientific)
Aparat do transfekcji komórek pierwotnych oraz linii komórkowych – 4D-Nucleofector (Lonza)
System do komputerowej analizy nasienia w systemie CASA – program Sperm Class Analyzer SCA Vet z mikroskopem optycznym OLYMPUS CX41

Powrót