CIiTT UP w Poznaniu

REALIZOWANE PROJEKTY

ZLECONE BADANIA (badania naukowe i prace rozwojowe, opinie, analizy, ekspertyzy):

 APARATURA NAUKOWO-BADAWCZA:

• aparaty do wysoce sprawnej chromatografii cieczowej Jasco i Agilent Technologies (HPLC) do analizy związków niskocząsteczkowych, takich jak pochodne homocysteiny, nukleotydy, związki fenylopropanoidowe, aminokwasy, białka, metabolity wtórne zwierząt i roślin
• komory laminarne do pracy w warunkach sterylnych z hodowlami mikroorganizmów lub hodowlami komórkowymi oraz przygotowywania roślinnych kultur in vitro
• analizator wzrostu komórek PANSys 3000 do przyżyciowego monitorowania wielu parametrów w hodowlach komórkowych. Precyzyjne dozowanie różnych składników, przyżyciowa obserwacja mikroskopowa, odpowiedne warunki wzrostu, monitorowanie wzrostu i ocena zachowania komórek, w aspekcie cytotoksyczności badanych związków biologicznie czynnych
• Termocyklery real-time PCR. Standardowe wyposażenie laboratoriów związanych z pracami molekularnymi do oceny ekspresji wybranych sekwencji na poziomie RNA. PCR w czasie rzeczywistym umożliwia ilościowe oznaczanie DNA
• aparat do digital PCR QIAcuity One firmy Qiagen. Unikatowe urządzenie w skali kraju, pięć kanałów detekcji fluorescencji. Analiza kopii genów, detekcja rzadkich mutacji, analiza mikrobiomu, miRNA i ekspresji genów
• Sekwenatory:
• Sekwenator kapilarny ABI 3500 3500 Genetic Analyzer firmy Applied Biosystems do sekwencjonowania i analizy długości fragmentów, z możliwością jednoczesnego odczytu 6 fluorochromów w układzie 8-kapilarnym
• Pirosekwenator PyroMark Q48 Autoprep firmy Qiagen do określania wariantów DNA w zautomatyzowanym systemie 48-dołkowym: genotypowanie (warianty SNP, częstość alleli AQ), analiza metylacji (CpG) oraz sekwencjonowanie krótkich fragmentów (SEQ)
• Sekwenator MiSeq firmy Illumina do sewencjonowania nowej generacji (NGS), do jednoczesnej analizy setek milionów krótkich sekwencji (ok. 100-400 nt), uzyskanie 1 Gb danych sekwencyjnych w ciągu kilkugodzinnej pracy urządzenia. Wraz z oprogramowaniem QIAGEN CLC Genomics Workbench pozwala na kompleksową obróbkę różnego rodzaju danych sekwencyjnych
• Nanosekwenator MinION do szybkiej analizy sekwencji z zastosowaniem metod nowej generacji
• stacja robotyczna Biomek FX firmy Beckman Coulter do izolacji i oczyszczania DNA/RNA techniką kulek magnetycznych, wraz z doprowadzaniem do określonych stężeń DNA; składanie reakcji PCR; pipetowanie cieczy w zakresie 1 μl do ok. 3 ml dla zestawu 8-końcówkowego oraz w zakresie 1 μl do 235 μl dla układu 96 dołkowego.
• automat do izolacji kwasów nukleinowych Auto-Pure Mini, Allsheng do szybkiej, automatycznej izolacji kwasów nukleinowych z różnego typu próbek w jednym cyklu oczyszczania o wysokiej jakości i powtarzalności ekstrakcji, przy minimalizacji ryzyka zanieczyszczenia preparatów
• mikroskopy do obserwacji hodowli komórkowych zwierząt i człowieka oraz komórek roślinnych:
• mikroskop fluorescencyjny AXIOVERT 200 firmy Carl Zeiss z systemem do fotodokumentacji
• mikroskop Leica DM2000 LED z oświetleniem LED i modułem fluorescencji oraz kontrastem Nomarskiego (DIC) do obserwacji preparatów biologicznych
• mikroskop odwrócony Leica DMi1 z kamerą flexacam o polu widzenia 20 mm, do przeżyciowej obserwacji hodowli komórkowych
• mikroskop optyczny świetlny
• Zoe Fluorescent Cell Imager do obserwacji komórek
• licznik komórek Countess3 do automatycznego liczenia komórek w hodowlach komórkowych
• Kriostat CM 1520 Leica do zamrażania i szybkiego cięcia zamrożonych próbek do zastosowań biologicznych, medycznych i przemysłowych. Zawiera mikrotom z regulacją temperatury oraz półkę do szybkiego zamrażania próbek
• skaner fluorescencji, chemiluminescencji i radioaktywności Typhoon 8600, umożliwiający pracę z próbkami znakowanymi radioaktywnie
• system do detekcji chemiluminescencji - GeneGnome XRQ do detekcji sygnałów z membran w metodzie Western blot. Wysoka wydajność i automatyzacja, maksymalna czułość. Kamera CCD nowej generacji z chłodzeniem o wysokiej wydajności kwantowej (73% przy 425 nm). Ograniczenie szumu tła
• cieplarki do hodowli tkankowych (w tym z wytrząsaniem)
• inkubator z wytrząsaniem
• zestaw do próżniowego zagęszczania próbek Vacuum Concentrator Systems firmy Labconco
• czytniki płytek ELx808 BioTek i infinite M200PRO TECAN. Pomiar absorbancji, fluorescencji i luminescencji przy dużej dokładności, czułości i powtarzalności. Pomiar kinetyki reakcji
• Zetasizer Pro firmy Malvern Panalytical do analizy wielkości cząstek nanometrycznych i potencjału zeta. Umożliwia pomiar wielkości i ruchliwości elektroforetycznej lub potencjału zeta koloidów, nanocząstek, polimerów i białek
• cyfrowy woltomierz Millicell® ERS 3.0 wraz z Millicell® Cloud do pomiaru potencjału błonowego i oporności komórek nabłonkowych oraz śródbłonkowych w hodowli. Umożliwia łatwy i dokładny pomiar na mikroporowatych membranach, wspierając ocenę stanu monowarstwy komórek i ich konfluencji. Zastosowanie: modele barier komórkowych (np. krew–mózg, przewód pokarmowy, płuca), badania skuteczności i toksyczności leków
• Nukleofector 2b Device do wydajnej transfekcji trudnych do transfekcji linii komórkowych i komórek pierwotnych różnymi wektorami DNA lub oligonukleotydami siRNA w formacie niskoprzepustowym. Umożliwia transformację bakterii przy użyciu alternatywnych kuwet
• Potencjostat Dropsens i400s do analiz elektrochemicznych mieszanin pojedynczych składników jak również matryc wieloskładnikowych. Dostępnych jest 25 różnych technik pomiarowych, głównie wykorzystywana jest woltamperometria fali prostokątnej (SWV) oraz woltamperometria cykliczna (CV). Kompaktowość urządzenia oraz możliwość połączenia bezprzewodowego z komputerem sterującym sprawia, iż może być ono używane do pomiarów poza terenem Katedry, np. w ramach badań w innej jednostce. Potencjostat umożliwia pomiary z wykorzystaniem elektrod drukowanych, jak również w układzie trielektrodowym. Umożliwia detekcję związku o charakterze redoks, analizę potencjału antyoksydacyjnego, oddziaływań między dwoma związkami, pomiar uszkodzenia DNA syntetycznego/komórkowego
• Spektrofotometry Nanodrop 2000 i Spektrofotometr DeNovix DS-11. Szerokie spektrum pomiarów UV/VIS w zakresie 190-840 nm. Oznaczanie stężenia i czystości kwasów nukleinowych i białek w mikroobjętości (od 0,5 µl) zapewniając wiarygodne i powtarzalne pomiary. Dedykowane aplikacje do pomiaru białek
• komora klimatyczna Conviron GEN1000-SH do hodowli roślin z fabrycznie zamontowanym wyposażeniem w wariancie SH przeznaczonym do inkubacji. Pojemność 781 litrów. Zakres nastawy temperatury: +4°C do +40°C (+10°C do +45°C przy wł. świetle). Oświetlenie fluorescencyjne, nawilżanie ultradźwiękowe, addytywne do 90%RH (do 75%RH przy wł. świetle). Sterownik CMP 6060 z kolorowym, dotykowym wyświetlaczem LCD, programy do 48 kroków na dobę. Archiwizacja danych poprzez port USB. Kompleksowy system sygnalizacji stanów alarmowych
• szklarnia
• pracownie Zakładu Inżynierii Genetycznej do prac z GMO i GMM

DZIAŁALNOŚĆ SZKOLENIOWA:

Katedra prowadzi szkolenia indywidualne/grupowe w odpowiedzi na pojawiające się zapotrzebowania na:

• genotypowanie
• sekwencjonowanie nowej generacji
• przygotowywanie konstrukcji genowych i wykrywanie transgenezy
• hodowle komórkowe
• ocena cytotoksyczności
• diagnostyka molekularna roślin, zwierząt i człowieka
• poszukiwanie markerów genetycznych cech ilościowych
• ocena metylacji specyficznej
• izolacja białek/peptydów
• kultury in vitro roślin

INNE AKTYWNOŚCI:

Katedra ma szerokie możliwości współpracy przy realizacji badań podstawowych i stosowanych, obejmujące m.in.:

• sekwencjonowanie DNA
• oznaczanie markerów genetycznych roślin, zwierząt i człowieka
• określanie pokrewieństwa roślin, zwierząt
• molekularną identyfikację mikroorganizmów
• ocena genetycznie modyfikowanej żywności
• przygotowywanie konstrukcji genowych
• syntezę rekombinowanych białek
• autoradiografię i fluorymetrię

W strukturze Katedry Biochemii i Biotechnologii działa laboratorium o klasie bezpieczeństwa BSL2, Zakład Inżynierii Genetycznej (ZIG) w którym może być prowadzone zamknięte użycie GMM (genetycznie zmodyfikowanych mikroorganizmów, zamknięte użycie GMM zaliczonych do II kategorii zagrożenia) oraz GMO (genetycznie zmodyfikowanych organizmów, zamknięte użycie GMO zaliczonych do I kategorii zagrożenia).

SŁOWA KLUCZOWE: genetyka, biotechnologia, bioinformatyka, genomika, transgeneza, CRISPR/Cas9, RNA, epigenetyka, nanotechnologia, toksykologia, kannabinoidy, neurodegeneracja, medycyna regeneracyjna, metagenomika, fitobiologia, stres środowiskowy, metabolity wtórne, żywność funkcjonalna, terapia genowa.